Najvyšším orgánom Justičnej akadémie je rada, ktorá má sedemnásť členov.
Ôsmich členov rady volí súdna rada z radov sudcov a deviatich členov rady vymenúva minister. Troch členov rady vymenúva minister z radov prokurátorov na návrh generálneho prokurátora, jedného člena rady vymenúva z radov sudcov na návrh stavovskej organizácie sudcov a jedného člena rady vymenúva z radov prokurátorov. Štyroch členov rady vymenúva minister spravidla na návrh právnických fakúlt verejných vysokých škôl a stavovských organizácií advokátov, notárov a súdnych exekútorov.
Za člena rady môže byť vymenovaný:
a) sudca, ktorý je bezúhonný a ku dňu vymenovania vykonáva funkciu sudcu najmenej desať rokov,
b) prokurátor, ktorý je bezúhonný a ku dňu vymenovania vykonáva funkciu prokurátora najmenej desať rokov,
c) fyzická osoba, ktorá je bezúhonná, má vysokoškolské vzdelanie druhého stupňa získané na právnickej fakulte vysokej školy v Slovenskej republike alebo má uznaný diplom o vysokoškolskom právnickom vzdelaní druhého stupňa vydaný vysokou zahraničnou školou a najmenej desať rokov odbornej právnickej praxe.
Funkčné obdobie členov rady je päť rokov. Tá istá osoba môže byť vymenovaná za člena rady aj opakovane.
Zasadnutia Rady Justičnej akadémie sa konajú spravidla jedenkrát v kalendárnom mesiaci s výnimkou letných prázdnin v sídle Justičnej akadémie v Pezinku alebo v Detašovanom pracovisku JA v Omšení.
Pôsobnosť rady Justičnej akadémie určujú zákon a štatút, v zmysle ktorých rada najmä:
a) navrhuje ministrovi kandidáta na funkciu riaditeľa,
b) vypracúva a vydáva zásady výberového konania na funkciu riaditeľa a zástupcu riaditeľa po dohode s ministerstvom,
c) volí a odvoláva si zo svojich členov predsedu a podpredsedu rady, a to nadpolovičnou väčšinou hlasov všetkých členov rady,
d) volí a odvoláva členov skúšobných komisií a ich náhradníkov podľa § 13,
e) schvaľuje návrh rozpočtu akadémie, ktorý jej predkladá riaditeľ,
f) schvaľuje koncepciu vzdelávania akadémie zameranú na metodológiu vzdelávania so zohľadnením moderných trendov vzdelávania zameraných na odborné znalosti a zručnosti všetkých vzdelávaných cieľových skupín,
g) schvaľuje ročný študijný plán na základe obsahovej náplne vzdelávania sudcov určenej súdnou radou po dohode s ministrom a obsahovej náplne vzdelávania prokurátorov určenej generálnym prokurátorom,
h) schvaľuje štatút akadémie, a to nadpolovičnou väčšinou hlasov všetkých členov rady,
i) schvaľuje skúšobný poriadok, a to nadpolovičnou väčšinou hlasov všetkých členov rady,
j) predkladá návrh ministrovi na odvolanie riaditeľa,
k) ukladá členom rady povinnosti vyplývajúce z jej pôsobnosti a upozorňuje členov rady na neplnenie úloh,
l) schvaľuje rokovací poriadok rady,
m) rozhoduje aj o ďalších otázkach v rozsahu a za podmienok ustanovených v tomto zákone, v osobitnom predpise a v štatúte akadémie.