Justičná akadémia sa riadi okrem zákona č. 548/2003 Z. z. aj štatútom a organizačným poriadkom Justičnej akadémie, ktoré upravujú právomoci jednotlivých organizačných súčastí zriadených v Justičnej akadémii.
V súčasnosti pracuje v Justičnej akadémii celkovo 33 zamestnancov, ktorých status je upravený v zákone č. 552/2003 Z. z. o výkone práce vo verejnom záujme. Z uvedeného počtu pôsobí 14 zamestnancov v Ddetašovanom pracovisku Justičnej akadémie v Omšení a 19 zamestnancov v sídle akadémie v Pezinku.
Justičná akadémia sa člení na tieto základné organizačné zložky:
a) riaditeľ
c) kancelária akadémie
d) katedry vzdelávania
e) útvar justičného vzdelávania a justičných databáz
f) Detašované pracovisko v Omšení
g) regionálne učebne
Organizačnú štruktúru Justičnej akadémie Slovenskej republiky nájdete TU.