Justičnú akadémiu Slovenskej republiky navonok zastupuje riaditeľ, ktorý je jej štatutárnym orgánom.
Rada na základe výsledkov výberového konania určí úspešných kandidátov a ministrovi navrhne na funkciu riaditeľa kandidáta, ktorý sa umiestnil podľa rozhodnutia výberovej komisie ako prvý v poradí. Výberové konanie na funkciu riaditeľa akadémie sa riadi postupom upraveným v Zásadách výberového konania na funkciu riaditeľa a zástupcu riaditeľa Justičnej akadémie Slovenskej republiky, prijatých dňa 4.8.2009 Radou Justičnej akadémie na základe § 7 písm. b) zákona o Justičnej akadémii.
Minister spravodlivosti vymenúva riaditeľa na funkčné obdobie piatich rokov. Tá istá osoba môže vykonávať funkciu riaditeľa alebo funkciu zástupcu riaditeľa aj opakovane.
Pôsobnosť riaditeľa:
a) zastupuje akadémiu navonok,
b) predkladá Rade návrh ročného študijného plánu a Výročnú správu o činnosti akadémie, môže navrhnúť zaradenie ďalších bodov do programu nasledujúceho zasadnutia Rady,
c) predkladá ministrovi návrh rozpočtu, ktorý schválila Rada,
d) zodpovedá Rade za riadne plnenie ročných študijných plánov a ministerstvu za účelné hospodárenie s rozpočtovými prostriedkami akadémie,
e) vymenúva a odvoláva zástupcu riaditeľa,
f) vydáva vnútorné predpisy, ktoré sú záväzné pre zástupcu riaditeľa, pedagogický zbor a ostatných zamestnancov akadémie,
g) predkladá ministrovi a generálnemu prokurátorovi výročnú správu o činnosti akadémie schválenú radou,
h) rozhoduje aj o ďalších otázkach v rozsahu a za podmienok ustanovených v tomto zákone, v osobitnom predpise a v štatúte akadémie.
Riaditeľ má právo zúčastňovať sa na zasadnutiach Rady Justičnej akadémie, má právo vyjadrovať sa k prerokúvanej veci; nemá právo hlasovať.
Súčasným riaditeľom Justičnej akadémie SR je JUDr. Peter Hulla.
Vo funkcii riaditeľa Justičnej akadémie pôsobili: